I seguenti effetti indesiderati correlati con il trattamento sono stati riportati in 4.048 pazienti cui  era stato somministrato fluconazolo per 7 o più giorni nel corso di studi clinici

Sistemi di organi	Molto comune ≥1/10	Comune ≥1/100, <1/10	Non comune ≥1/1,000, <1/100	Raro ≥1/10,000, <1/1,000	Molto raro <1/10,000
Patologie sistemiche			affaticamento, malessere, astenia, febbre
Patologie del sistema nervoso centrale e periferico		cefalea	convulsioni, capogiri, parestesia, tremore, vertigini
Patologie della cute		Eruzione cutanea	prurito	Reazioni cutanee esfoliative (Sindrome di Stevens-Johnson)
Patologie gastrointestinali		nausea e vomito, dolore addominale, diarrea	anoressia, stipsi, dispepsia, flatulenza
Patologie del sistema muscolo- scheletrico			Mialgia
Patologie del sistema nervoso autonomo			secchezza delle fauci, aumento della sudorazione
Disturbi psichiatrici			insonnia, sonnolenza
Patologie epato-biliari		Aumento clinicamente significativo di AST, ALT e della fosfatasi alcalina	colestasi, danno epatocellulare, ittero, aumento clinicamente significativo della bilirubina totale,	Necrosi epatica
Organi di senso			alterazioni del gusto
Patologie del sistema emolinfopoietico			Anemia
Disturbi del sistema immunitario				anafilassi

Gli eventi clinici avversi sono stati riportati più frequentemente nei pazienti con infezione da HIV (21%) che non in quelli non affetti da HIV (13%). Tuttavia, il tipo di reazioni sfavorevoli nei pazienti con e senza infezione da HIV erano simili. Inoltre sono state osservate le seguenti reazioni avverse in circostanze in cui non è stata confermata alcuna chiara relazione con il trattamento (per esempio, nell’ambito di studi aperti  dopo l’ottenimento dell’autorizzazione all’immissione in commercio): aritmia ventricolare (prolungamento del QT, torsioni di punta) angioedema, edema facciale, alopecia, necrolisi epidermica tossica, rash cutaneo da farmaco, orticaria, pustolosi esantematica acuta e generalizzata, leucopenia, incluse neutropenia e agranulocitosi, trombocitopenia, insufficienza epatica, epatite, ipercolesterolemia, ipertrigliceridemia, ipopotassiemia.