È stata usata la terminologia MedDRA (Medical Dictionary of Regulatory Activities) per la descrizione della classificazione per organi e sistemi e delle reazioni avverse al medicinale. Le reazioni avverse sono elencate secondo la classificazione per organi e sistemi e secondo la frequenza usando la seguente convenzione: 
 Gli effetti indesiderati più comunemente riportati a seguito della somministrazione endovescicale di MITOMYCIN C 40 mg sono stati irritazione vescicale, ematuria, malessere, cistite, disuria, prurito e rash. 
  |  Classificazione per organi e sistemi |   Frequenza |  
  |  Infezioni ed infestazioni  |   Frequenza: Non nota infezioni batteriche, virali o fungine, sepsi e shock settico |  
  |  Patologie del sistema emolinfopoietico  |   Frequenza: Molto raro Trombocitopenia e leucopenia |  
  |  Frequenza: Non nota Mielodepressione, anemia, neutropenia, pancitopenia, granulocitopenia, eritropenia, eosinofilia |  
  |  Disturbi del sistema immunitario  |   Frequenza: Comune Ipersensibilità |  
  |  Frequenza: Molto raro Reazione anafilattica, shock anafilattico |  
  |  Disturbi del metabolismo e della nutrizione  |   Frequenza: non nota Anoressia, perdita di peso |  
  |  Patologie vascolari  |   Frequenza: non nota vampate di calore, ipertensione, emorragie |  
  |  Patologie respiratorie, toraciche e mediastiniche  |   Frequenza: Molto raro malattia polmonare interstiziale |  
  |  Frequenza: non nota Disordini respiratori, fibrosi polmonare, broncospasmo, tosse, edema polmonare |  
  |  Patologie gastrointestinali  |   Frequenza: Molto raro Nausea e vomito, diarrea Frequenza: non nota  |  
  |  Costipazione |  
  |  Patologie epatobiliari  |   Frequenza: non nota disturbi epatici, ittero |  
  |  Patologie della cute e del tessuto sottocutaneo  |   Frequenza: Comune rash, prurito, eritrodisestesia palmare-plantare |  
  |  Frequenza: Molto raro Alopecia |  
  |  Frequenza: non nota Eritema, vescicole, ulcerazioni, necrosi della cute |  
  |  Patologie renali e urinarie  |   Frequenza: Molto comune Ematuria, irritazione della vescica Frequenza: Molto raro Insufficienza renale acuta, disordini renali (inclusi modifiche anomale nei livelli di urea nel sangue [BUN], creatinina, clearance della creatinina), perforazione della vescica, necrosi della vescica |  
  |  Frequenza: non nota Contrattura della vescica, minzione urgente, proteinuria |  
  |  Patologie dell’apparato riproduttivo e della mammella  |   Frequenza: non nota Necrosi del pene |  
  |  Patologie sistemiche e condizioni relative alla sede di somministrazione  |   Frequenza: Molto comune Malessere |  
  |  Frequenza: non nota Piressia (brividi), edema, calcinosi, dolore, debolezza generalizzata, letargia |  
 
  La segnalazione delle reazioni avverse sospette che si verificano dopo l’autorizzazione del medicinale è importante, in quanto permette un monitoraggio continuo del rapporto beneficio/rischio del medicinale. Agli operatori sanitari è richiesto di segnalare qualsiasi reazione avversa sospetta tramite il sistema nazionale di segnalazione all’indirizzo https://www.aifa.gov.it/content/segnalazionireazioni-avverse.