Le reazioni avverse più comunemente segnalate durante il trattamento con fenofibrato sono disturbi digestivi, gastrici o intestinali. I seguenti effetti indesiderati sono stati osservati durante studi clinici controllati verso placebo (n= 2344) alle frequenze sotto riportate:

Classificazione Organo Sistema (MedDRA)	Comuni >1/100, < 1/10	Non comuni >1/1.000, < 1/100	Rari > 1/10.000, < 1/1.000	Molto rari <1/10.000 incluse segnalazioni isolate
Patologie del sistema emolinfopoietico			Riduzione dell’emoglobina, riduzione della conta leucocitaria
Disturbi del sistema immunitario			Ipersensibilità
Patologie del sistema nervoso		Cefalea	Fatica e vertigini
Patologie vascolari		Tromboembolia (embolia polmonare, trombosi venosa profonda)*
Patologie gastrointestinali	Segni e sintomi gastrointestinali (dolore addominale, nausea, vomito, diarrea, flatulenza)	Pancreatite*
Patologie epatobiliari	Aumento delle transaminasi	Colelitiasi	Epatite
Patologie della cute e del tessuto sottocutaneo		Ipersensibilità cutanea (es rash, prurito, orticaria)	Alopecia, reazioni di fotosensibilità
Patologie del sistema muscoloscheletrico, del tessuto connettivo e osseo		Disturbi muscolari (es mialgia, miosite, aumento della CPK, spasmi muscolari e debolezza)
Patologie dell’apparato riproduttivo e della mammella		Disfunzione sessuale
Esami diagnostici		Aumento della creatinina nel sangue	Aumento dell’urea nel sangue

* Nello studio FIELD, uno studio randomizzato controllato con placebo, eseguito su 9795 pazienti con diabete mellito di tipo 2, un aumento statisticamente significativo dei casi di pancreatite è stato osservato nei pazienti che ricevevano fenofibrato rispetto a coloro che ricevevano placebo (0,8% contro 0,5 %; p=0,031). Nello stesso studio, è stato riportato un aumento statisticamente significativo dell’ incidenza di embolia polmonare (0,7% nel gruppo trattato con placebo contro 1,1% nel gruppo trattato con fenofibrato; p=0,022) e un aumento, non statisticamente significativo, delle trombosi venose profonde (placebo: 1,0% [48/4.900 pazienti] contro fenofibrato 1,4% [67/4.895 pazienti]; p=0,074). Sono stati riportati anche i seguenti effetti indesiderati: varie forme di aritmie cardiache, segni di disfunzione renale quali: disuria, oliguria, ematuria e proteinuria, polifagia e aumento di peso. Oltre agli eventi segnalati negli studi clinici, i seguenti effetti indesiderati sono stati segnalati spontaneamente durante la commercializzazione di fenofibrato. Dai dati disponibili non si può stimare una frequenza precisa che perciò è da considerarsi "non nota". Patologie respiratorie, toraciche e mediastiniche: Malattia polmonare interstiziale Patologie del sistema muscoloscheletrico, del tessuto connettivo e osseo: Rabdomiolisi